Робкая девочка Лико отправляется из своего родного города в регион Канто, чтобы поступить в престижную Академию Индиго и исполнить свою мечту — стать тренером покемонов. Перед отъездом бабушка дарит ей старинный кулон, скрывающий в себе необъяснимую магическую силу. На новом месте её ждут не только учёба, новые друзья и знакомство с покемонами, но и загадки, связанные с её таинственным наследством. Кулон, который она всегда считала простым украшением, начинает проявлять невероятные способности, втягивая Лико в удивительные и опасные приключения, которые выходят далеко за рамки обычной школьной жизни.