2012 год. Японию атаковали Мю — таинственные гуманоиды с голубой кровью из иного измерения. К 2015 году Токио отбил атаку с помощью гигантских роботов «долемов», но правда оказалась страшнее: весь мегаполис был запечатан в искусственной временной реальности, где время течёт в три раза медленнее. Семиклассник Аято Камина живёт обычной жизнью в этом застывшем Токио. Всё меняется в день новой атаки, когда он встречает свою одноклассницу Рэйку Мисиму и подвергается нападению правительственных агентов. Его спасает женщина по имени Харука Сито, заявляющая, что она из внешней организации «TERRA», а весь его мир — ложь. Сбежав, Аято на поезде вновь находит Рэйку, которая ведёт его в загадочный «Зал Ра». Там он становится свидетелем пробуждения гигантского долема Ра-Зефона — живого бога в форме робота, который признаёт в нём своего пилота. На вершине этого исполина появляется мать Аято, чтобы остановить вторжение TERRA. В битве она получает ранение, и Аято видит, как из раны течёт... голубая кровь. Осознав, что и он сам, и всё, что он знал, может быть частью чужой, нечеловеческой реальности, Аято бежит с Харукой во внешний мир. Теперь ему предстоит раскрыть тайны своего происхождения, природы Мю и истинного предназначения Ра-Зефона, механизма, способного не сражаться, а настраивать саму реальность.