Зловещий Берг Каце, представляющий могущественную организацию «Галлактор», разворачивает полномасштабное вторжение на Землю, используя армии монстров и разрушительное оружие массового поражения. Против него встаёт секретная команда из пяти молодых учёных, которых доктор Намбу обучил древним искусствам ниндзюцу и снабдил особыми костюмами, вдохновлёнными образами птиц. Объединив науку и древние боевые техники, они становятся Научным отрядом ниндзя «Гэтчмэн». Их ждут смертельные схватки с механическими чудовищами, битвы за спасение городов и противостояние с коварными планами Берга Катсе. От их смелости, сплочённости и готовности пожертвовать собой зависит судьба всего человечества в этой войне против апокалипсиса.