В будущем, когда большая часть Земли погружена в воды из-за глобальной катастрофы, молодой человек по имени Нацуки Икаруга сталкивается с тяжёлыми испытаниями. Несколько лет назад он потерял мать и лишился ноги в трагическом инциденте. Всё, что осталось у него — старый корабль, батискаф и долги, унаследованные от бабушки, известного учёного в области морской геологии — Нонко Ятигусы. Чтобы расплатиться с долгами, он отправляется на поиски затонувшего здания, где работала его бабушка, ведь по слухам, там хранятся её сокровища. Вместо богатств он обнаруживает капсулу с заспавшим внутри роботом-гуманоидом по имени Атри. После пробуждения Атри обещает помогать Нацуки, как минимум до тех пор, пока он не вспомнит последнее задание, которое ей поручала её прошлой хозяйка.