"Клетка духа 2 сезон" переносит зрителей в будущее, где человечество борется за выживание после катастрофического события. Пытаясь спастись, люди обосновываются на новых планетах, сталкиваясь с новой угрозой — инопланетным вирусом. В отчаянии герои исследуют новые миры, ищут решения и объединяют усилия, чтобы победить вирус и вернуться на Землю. В параллельной сюжетной линии развивается история Иссея Хёдо, старшеклассника, у которого происходит драматический поворот после встречи с демоном Юмой и вызова Риас Гремори. Иссей, обладающий "Священным механизмом", становится частью великой игры между демонами и ангелами, где каждый шаг может изменить судьбу мира.